Existen 2 formas, la 1ra es la más fácil, tienes que ir a https://pas-bien.net/2srt2ass/ y pones ahi tus 2 subtitulos, puedes configurar colores y tamaño incluso, luego click en enviar, y te devolverá un nuevo archivo, en este nuevo subtítulo estarán fusionados tus 2 subtítulos anteriores.

La 2da forma es un poco más complicada, pero es mucho mejor que buscar programas que puedan usar doble subtitulo (Creeme, he intentado BsPlayer, KMPlayer, Media Player Classic, y otros) o que uses la extension para VLC actualizado. No, mejor usa esta, la condición es que tienes que descargar una version anterior de VLC: http://download.videolan.org/vlc/2.0.8/win32/vlc-2.0.8-win32.zip

Paso 1: Descargar la siguiente extensión de VLC:

dual subtitulo_vlc (2kb)

Paso 2: Ponerlo dentro de la carpeta:

* Windows (all users): %ProgramFiles%\VideoLAN\VLC\lua\extensions\
* Windows (current user): %APPDATA%\VLC\lua\extensions\
* Linux (all users): /usr/share/vlc/lua/extensions/
* Linux (current user): ~/.local/share/vlc/lua/extensions/
* Mac OS X (all users): /Applications/VLC.app/Contents/MacOS/share/lua/extensions/

Paso 3: Ahora cierran y abren el VLC y activan la extensión instalada:

Subtitulos español ingles VLC
Subtitulos español ingles vlc

Paso 4: El subtitulo de abajo debe tener el mismo nombre que el vídeo y el de arriba el mismo nombre terminando en «en».

Por ejemplo en esta película:

Película:                     300.Rise.of.an.Empire.2014.720p.BluRay.x264.YIFY.mp4

Subtitulo_abajo:     300.Rise.of.an.Empire.2014.720p.BluRay.x264.YIFY.srt

Subtitulo_arriba:    300.Rise.of.an.Empire.2014.720p.BluRay.x264.YIFYen.srt

y listo, con eso podrás ver películas con doble subtitulo, ingles y español por ejemplo. FIN

Post data: Los subtítulos deben ser de tipo *.srt y codificados con utf-8 (Para que se noten las ñ, acentos, etc)

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La extensión original es de Mederi pero lo he modificado para usarlo con esta guía que he creado y ya no configurar algunas cosas.

Nota: Puedes descargar subtitulos en https://www.opensubtitles.org/